De jonge jaren van Spilliaert spelen zich af in Oostende. Hij ziet, als eerste kind van parfumeur-kapper Léonard-Hubert Spilliaert, zelf zoon van een vuurtorenwachter, en huisvrouw Léonie Jonckheere, het daglicht op 28 juli 1881.
De familie telt al een kunstenaar: Emile Spilliaert (1858-1913), al is het onduidelijk of hij invloed had op Léon. Na Léon volgen nog zijn broers Fernand en Maurice en zijn zussen Madeleine en Rachel. Twee andere kinderen, Marie-Henriette en Raymond, sterven op jonge leeftijd.
Als volwassene omschrijft Spilliaert zijn kindertijd als ‘een schitterende herinnering’.1 Wel heeft hij een wat moeilijk karakter, wat vriendschappen belemmert. Op school in het Oostendse Onze-Lieve-Vrouwecollege schetst hij erop los en als tiener toont hij al interesse in literatuur.