Spilliaerts erste Jahre spielen sich in Ostende ab. Das Licht der Welt erblickte er als ältestes Kind des Parfümeurs und Friseurs Léonard-Hubert Spilliaert, Sein Großvater war Leuchtturmwärter, und der Hausfrau Léonie Jonckheere am 28. Juli 1881.
Auch einen Künstler gab es in der Familie: Emile Spilliaert (1858-1913), wobei unklar ist, ob er Léon beeinflusste. Auf Léon folgten die Brüder Fernand und Maurice und die Schwestern Madeleine und Rachel.Zwei weitere Kinder, Marie-Henriette und Raymond, starben im Säuglingsalter.
Als Erwachsener bezeichnete Spilliaert seine Kindheit als „eine leuchtende Erinnerung“. 1 Er besaß einen etwas schwierigen Charakter, der ihm das Schließen von Freundschaften erschwerte. In der Schule am Onze-Lieve-Vrouwecollege in Ostende zeichnete er viel, als Jugendlicher zeigte er Interesse an Literatur.
